Im Jahr 1920 wurden die nördlichen Gebiete des ehemaligen Kreises Tondern der preußischen Provinz Schleswig-Holstein auf Grund der Volksabstimmung, die im Versailler Vertrag vorgesehen war, an Dänemark abgetreten. Die bei Deutschland verbleibenden Gebiete bildeten nunmehr den neuen Kreis Südtondern. Da auch die ehemalige Kreisstadt Tondern nun zu Dänemark gehörte, wurde Niebüll der Amtssitz dieses neuen Kreises. Durch die Kreisgebietsreform von 1970 fusionierte der Kreis Südtondern mit den Kreisen Eiderstedt und Husum zum neuen Kreis Nordfriesland mit Sitz der Kreisverwaltung in Husum.

Das heutige Amt Südtondern ist ein Amt im Kreis Nordfriesland mit Verwaltungssitz in Niebüll. Es wurde zum 1. Januar 2008 aus den Gemeinden der ehemaligen Ämter Bökingharde, Karrharde, Wiedingharde, Süderlügum, Leck und Niebüll gebildet.